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首页 > 拜谱生物 > 干货分享 > Nature Plants(IF=15.8)| SUMO掩盖核膳食纤维组新技术强调!营造新一代 SUMO化核膳食纤维组数据库!

Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化绘制是一种种重要的的翻意后绘制,SUMO原子使用在E1活性酶、E2切合实际酶和E3联接酶的积极参与下共价切合实际算是物蛋清赖氨酸残基上,在调低植被种子发芽、有营养表现电荷转移和胁迫反映中起突出要的角色。SUMO化蛋清和SUMO绘制时候中重要性酶的短缺都将产生植被种子发芽出现异常还窒息死亡,这反映SUMO化绘制在调低植被种子发芽健康时候中起着中心角色。根据近年在植被中被检测出的SUMO化蛋清使用量较少,和SUMO 化在植被中的丰度较低且静态性较高,故此检测SUMO化蛋清和 SUMO化位点是十分的兼具对决性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程博士生导师(拜谱生物制品协议完美家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以搭建新一种两步来完成赖氨酸不全SUMO生物富集具体方法,融合了坐版的树木SUMO化氨基酸质组数据资料库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

英语怎么说题型:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

中文版之类:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

投稿刊物:Nature Plants

影向要素:15.8

钻研方法

图1实验思绪图

钻研的结果

01、拟南芥K0-SUMO1淀粉酶质混合物析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,小说作家进一歩做好优化提升的第二步亲和生物富集方法步骤做好质谱解析,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化呈现淀粉酶质组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化体现蛋白质和位点的检验

要为验证通过存在的SUMO1蛋白酶,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并参与了休外试验。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以查证SUMO化体现位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化血清和位点的休外手机验证(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热引发淀粉酶质组的参考值非常

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT血清质组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 研究背景TMT的降钙素原检测蛋白酶质组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

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本研究从氨基酸质组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以组建有一种准确度度挺高的SUMO化蛋白酶纯化和质谱探测方法步骤。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热引起核蛋白参考值比效表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化绘制淀粉酶质组做捷晨少数民族特色绘制的产品,采取高效益的丰度技木、尖部的Astral分析仪器可进行SUMO化淀粉酶和位点的高服务质量量查出。此外,王鹏程老师是拜谱有关医疗团队成員,在货品研发部期间中为贵司出具专业课程提议和评价表,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

参阅论文:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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