在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

调查没想到

1、从光敏培养出来受损细胞中提现DNA交连血清质

要为破乳光交连球营养物质-DNA复合材料物用来LC-MS讲解，我开发设计半个种性变纯化方案设计，可从DNA中去要不是交连球营养物质，仅在强光照时按照就直接遗传基因组碰到含有DNA交连球营养物质。用TRIZOL转化成脱色质并删去入狱获的非交连球球血清，第二将其重复融解以实行RNase消化不良酶。按照超声清洗截取所得税球营养物质交连DNA的转化成物，在硫氰酸胍中蒸煮性变，并在二防氧化硅离心法柱上强烈洗衣机清洗以去要不是交连球营养物质直接左右完毕。按照核酸酶加工处理从DNA中挥发释放光交连球球血清，并实行胰球球血清酶消化不良酶用来LC-MS讲解。该的方式命名规则为球营养物质交连DNA转化成或XDNAX。

图1.氨基酸质热塑DNA提现或XDNAX方案图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可真接使用DNA的核核苷酸图谱

将光化学交联做法应运于MCF7受损组织，找到了1,805种得票数淀粉酶，当中1,191种有于3个或更多的次去重复中。60%的DNA彼此之间功能组暗含核酸综合的GO参考文献标注，在不足核酸综合参考文献标注的淀粉酶质中，大的贡献率是来自于核纤层淀粉酶，首先其次是陆续参与上色质机构和受损组织瓦解的淀粉酶质（图2）。

图2 . 可直接的接觸 DNA 的淀粉酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇总了了DNA彼此之间效用组所蕴含的血清酶质-DNA接面举例蕴含的核苷酸交连肽。这具有因（1）球状DNA依照实际设计域、（2）DNA 依照实际起居不规律区（IDR）和（3）因与任何血清酶质（列举组血清酶依照实际血清酶）、RNA（列举剪接指数公式）或相离心分离区室（列举核仁血清酶）彼此之间效用而造成的大环境临近。

图3 . 可单独交往 DNA的结构设计域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、按量肿瘤细胞扰动期間与DNA综合的转录因素

性缴素药药血清激酶α（ESR1）驻进到胞质溶胶中，有一天面临其配体，触及易位到生殖上皮内部，在什么地方它与遗传基因组中的既定行政区域配合以激活开通既定的转录软件程序。将血清饥饿的MCF7生殖上皮内部泄露于高用量性缴素药药（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模拟网解决的对应生殖上皮内部十分这句话的DNA互不效应组（图4A）。表中，性缴素药药伤害性后DNA互不效应组中的ESR1增高了30倍（图4B）。总的当今社会，在1,814个降钙素原检测的血清质-DNA互不效应中，约有9%显视出高出2倍的显著性影响，并洞察分析到与ESR1兼备互不效应的血清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌性激素治理乳腺癌癌组织 DNA 相互之间的功效组的一定量较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

探究分析迈入遗传染色法体组的核胆固醇以明白它是怎么样被获取并付诸生活实践的，长期的是科技成员某个长期的的追寻。遗传染色法体组可及性重点以DNA为公司的角度来做探究分析，然后，到现有 ，染色法质凝胶的功用中的怎样核胆固醇与DNA 發生高中物理共同功用尚不明确。运用零差距光化学交联，可显示DNA共同功用组中的多半数核胆固醇，XDNAX水平将为核胆固醇-DNA共同功用探究分析的专业用具。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的淀粉酶质组学、突显组学、分解组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参考使用医学文献：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.