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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表示出诸多的生物技术活性酶类，涉及到抗肿癌和身体毒角色。常，三萜是可以通过甲羟戊酸行业生成的，并从非天然草本植物和白色念珠菌中取出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊发了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的理论研究分析文章。该理论研究分析会发现三萜类有机物虫草粉酸（GA）是按照液滴培植的无柄虫草粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学转换成生产的。可根据转录组和淀粉酶酶质组学科技进一点探索性无柄虫草菌丝体中DHT生产俩种虫草酸（GA）的管理机制，并可根据多个学科技检侧到的的文化差异dna和的文化差异淀粉酶酶，预测未来DHT 生态学炼制 GA 的路经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和性能细分

采用对无柄野生灵芝细菌菌丝体展开转录组测序共拥有67230个转录本和14297个单dna。在此类单dna中，49俩个被检测为文化差异形容爱dna（DEGs），各举213个形容爱调整，279个形容爱下跌（图1A）。GO丰度深入进行分析后，DEGs可以分为动物流程（BP）、组织含量（CC）和分子成分功用（MF）3类。在BP类目中，出現了前三种子类目：消炎药分离分解流程，乙酸盐分解流程和甲酸盐分解流程;而在CC类目中，组织外区、突触复合材料体、突触成分是前三种亚类。针对于MF类目，甲酸脱氢酶（NAD）吸附性、脱色完美重现酶吸附性和酸氨（或酰胺）联系酶吸附性是前三种亚类目（图1B）。在DEGs的KEGG径路深入进行分析中，前30条丰度度最高的人的径路含有27条应属于分解，各举甲烷气体分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解、丙酸盐分解无线信号径路不错丰度（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和用途划分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

使用对无柄灵芝粉细菌菌丝体去蛋清质组学分折，共分明确了16,457种特殊肽、2606种蛋清质和2588种酶联免疫法蛋清质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的筛分前提条件下，在那2606种蛋清质中，94种被鉴定费为不同之处展现方法蛋清（DEPs），在这当中52种上涨，42种降低（图2A），图2C彰显了不同之处展现方法蛋清的聚类介绍分折热图。从GO分折看下，BP等级分类彰显，大多都数DEPs参予醋酸钠盐分泌转化具体步骤中、抗生素类葡萄糖腐蚀分泌转化具体步骤中和药物治疗葡萄糖腐蚀分泌转化具体步骤中。CC类DEPs在癌组织系外区、过腐蚀物酶体和微体中占有比率至高的，腐蚀完美重现酶渗透性和甲酸脱氢酶（NAD）渗透性在MF类中DEPs的比例怎么算至高的（图2B）。与转录组可是是类似的，KEGG径路分折彰显，越来越多DEPs在分泌转化中海洋生物制品聚集，在这当中3条最海洋生物制品聚集的经过是光合海洋生物制品中的碳稳固、碳分泌转化和MAPK预警径路（图2D）。不仅而且，使用分折GO统计资料库的CC对DEPs去亚癌组织系手机定位分折和标注（图2E），DEPs重点地域分布在癌组织系质（40.66%）、癌组织系膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论上上是GAs海洋生物制品炼制的重点位置上。

图2|淀粉酶质组的酶联免疫法研究和效果核实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物变为和对应组获选DEGs和DEPs生产制作了维恩图，有20个一定的差异表述DNA（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组共出的DEGs/DEPs采取聚类研究研究分析法研究研究分析，感觉mRNA和蛋清质两者直接有1五个调涨DNA和五个再降DNA，DEGs和它的汉语翻译的DEPs表述平行呈正相应的，对于Pearson的相应的弹性系数研究研究分析，在转录组和蛋清质组两者直接加测到相比较较高的相应的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）监测结杲显视，E组和C组19个DEGs的传达水平方向差异化取得，这之中9个为调整DEGs，5个为调低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的传达新趋势与转录成分析结杲保持一致。

图3|球蛋白组的定量深入分析深入分析和功效效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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